公開日:2026年9月25日 
年末調整の電子化について、「いつから義務になるのか」「何から始めればよいのか」と迷う人事・労務担当者は少なくありません。結論からいうと、従業員から勤務先への年末調整書類の提出を電子化することは、一般の民間企業に一律で義務付けられているわけではありません。一方、税務署へ提出する一部の法定調書には電子提出義務があり、対象範囲は2027年1月から広がります。
この記事では、年末調整の電子化の意味、義務化の範囲、導入手順、メリット・注意点をわかりやすく解説します。自社に合う進め方を判断するためのチェックリストも紹介します。
◎この記事の結論
• 従業員と勤務先の間で行う年末調整手続の電子化は、一般の民間企業に一律で義務付けられているわけではありません。
• 税務署へ提出する法定調書は、種類ごとに前々年の提出枚数が100枚以上の場合、原則としてe-Taxなどによる電子提出が必要です。2027年1月1日以後に提出する法定調書からは、この基準が30枚以上へ引き下げられます。
• 導入時は、現行業務の整理、電子化範囲の決定、システム選定、従業員への周知、テスト運用の順に進めるとスムーズです。
年末調整の電子化とは
年末調整の電子化とは、従来は紙で行っていた申告書の作成・提出、控除証明書等の受け取り、内容確認、給与計算システムへの反映などを、電子データで行う仕組みです。国税庁の「年調ソフト」や民間のクラウド型人事労務システムを利用する方法が一般的です。
年末調整を電子化すると、従業員はパソコンやスマートフォンで質問に回答する形で申告書を作成することができるようになります。保険会社などから取得した控除証明書等はデータで取り込むため、金額や計算ミスも減らしやすくなります。勤務先側は、提出状況の確認や差し戻し、給与計算システムとの連携をオンラインで行うことができるため、紙の紛失や転記漏れなどの手続き時のトラブルも未然に防ぐことが可能です。
実際にCOMIT HRを運営する株式会社InfoDeliverでは、従来、紙の申告書を中心に運用していたため、未提出者への催促や記入内容の確認、書類の差し戻しに多くの時間がかかっていました。そこで、業務フローを整理したうえで電子申告の仕組みを導入したところ、提出状況を把握しやすくなり、確認作業や従業員対応の負担軽減につながりました。
電子化できる主な業務・書類
| 項目 | 電子化 | 電子 保存 |
注意点 |
|---|---|---|---|
| 扶養控除等（異動）申告書 | 〇 | 〇 | 平成19年分以降、電子データでの提出が認められている代表的な書類 |
| 保険料控除申告書 | 〇 | 〇 | 生命保険料・地震保険料・社会保険料などの控除が対象 |
| 基礎控除申告書 | 〇 | 〇 | 配偶者控除等申告書と様式が一体化されている場合が多い |
| 配偶者控除等申告書 | 〇 | 〇 | 所得金額に応じた控除額の自動判定に対応したシステムが便利 |
| 所得金額調整控除申告書などの作成・提出 | 〇 | 〇 | 対象者が限定的なため、年調ソフト等での自動判定が有効 |
| 生命保険料控除証明書 | 〇 | 〇 | 保険会社が発行するQRコード付控除証明書等のデータ取得が必要 |
| 地震保険料控除証明書 | 〇 | 〇 | 同上。保険会社ごとにデータ取得方法が異なる場合がある |
| 住宅借入金等特別控除に関する証明書などのデータ取り込み | 〇 | △ | 控除の内容によっては一部証明書類の保存が必要。初年度は原則確定申告が必要 |
| 申告内容の自動チェック | 〇 | － | 書類そのものではなく、システムの機能。入力漏れや扶養人数の不整合等を検知 |
| 控除額の計算 | 〇 | － | 各種申告書のデータをもとにシステムが自動計算するため、手計算によるミスを削減 |
| 従業員への差し戻し | 〇 | － | システム上で不備箇所を指摘し、再提出を依頼できる |
| 提出状況の管理 | 〇 | － | 誰が提出済み・未提出かをリアルタイムで一覧管理できる |
| 未提出者への通知 | 〇 | － | システムからの自動リマインドで督促業務を効率化できる |
| 給与計算システムへのデータ連携 | 〇 | － | API連携等により、年末調整結果を給与計算に自動反映できる |
※「電子化」＝書類の作成・提出プロセスを電子データで行えるか
※「電子保存」＝提出後の書類を紙ではなく電子データのまま保管できるか（「－」は書類そのものではなくシステム機能のため対象外）
※「△」は条件付き（証明書類の一部保存が必要なケースなど）
利用できる電子データや連携方法は、証明書の発行元、対象となる控除、導入するシステムによって異なります。導入前に、自社で扱う書類が対応しているかを確認しましょう。
年末調整の電子化は義務？いつから必要？
年末調整の「電子化」には、①従業員から勤務先への申告書提出と、②勤務先から税務署への法定調書提出という2つの場面があります。義務化の有無を判断する際は、この2つを分けて考えることが重要です。
従業員から勤務先への電子提出は一律の義務ではない
2026年8月時点では、一般の民間企業が従業員との年末調整手続きを全面的に電子化することは、一律の義務ではありません。紙を使った運用を続けることも可能です。ただし、電子データで申告を受け付ける場合は、法令上の要件や保存方法を確認し、社内の運用ルールを整える必要があります。
一部の法定調書は電子提出が義務
勤務先から税務署へ提出する法定調書については、種類ごとに前々年の提出枚数が100枚以上の場合、原則としてe-Tax、認定クラウドサービス、光ディスク等による提出が必要です。給与所得の源泉徴収票も対象となる法定調書の一つです。
さらに、2027年1月1日以後に提出する法定調書からは、電子提出義務の判定基準が「100枚以上」から「30枚以上」へ引き下げられます。たとえば、2025年中に提出すべきであった同一種類の法定調書が30枚以上であれば、2027年に提出する当該法定調書は電子提出の対象になります。判定は法定調書の種類ごとに行います。
この電子提出義務は、従業員数だけで決まるものではありません。「従業員が30人以上なら年末調整全体が電子化必須」とは限らないため、前々年の法定調書の種類別提出枚数を確認しましょう。
自社が電子化義務の対象か確認する方法
自社が電子提出義務の対象かを確認するには、まず「従業員から会社への年末調整書類の提出」と「会社から税務署への法定調書の提出」を分けて考えます。前者の電子化は、一般の民間企業に一律で義務付けられているわけではありません。一方、後者は法定調書の種類ごとに、前々年に提出すべきであった枚数を確認します。2026年中に提出する場合は100枚以上が目安ですが、2027年1月1日以後に提出する法定調書からは30枚以上へ引き下げられます。給与所得の源泉徴収票も対象となり得ます。判定は従業員数や法定調書の合計枚数ではなく、種類ごとの提出枚数で行う点に注意が必要です。まずはe-Taxの送信履歴、税務署への提出控え、法定調書の管理台帳などで前々年の枚数を確認しましょう。複数の事業所がある場合や判定に迷う場合は、国税庁の最新案内を確認し、所轄税務署や顧問税理士へ相談すると安心です。
年末調整を電子化する5つのステップ
年末調整を電子化する場合、システムの導入だけでなく、従業員への周知など事前準備が重要です。重要な法定業務だからこそ、導入前にしっかり準備を行いましょう。
1．現在の業務フローと課題を整理する
システムをいきなり検討するのではなく、まずは現在の年末調整で発生している、書類の配布・回収方法、確認にかかる時間やよくある不備、給与計算システムへの入力方法の課題を洗い出しましょう。印刷費や郵送費だけでなく、担当者の作業時間も記録すると、導入効果を見積もりやすくなります。
2．電子化する範囲と例外対応を決める
初年度からすべてを電子化するのではなく、会社ごとの状況によっては、一部の申告書や特定部門から電子化を始める方法もあります。ただしこの場合、紙と電子が長期間混在すると管理が複雑になりやすいというデメリットもあるため、対象範囲や例外を認める条件、完全移行までの時期をあらかじめ決めておくことが大切です。
3．システムを比較・選定する
年末調整の電子化のためのソフト・サービスは、国税庁が提供しているソフトのほか、人事・労務系サービスを提供している企業からも多く提供されています。国税庁が提供しているソフトは無償で使うことができるという点が大きなメリットです。民間のクラウド型システムは、従業員への依頼、進捗管理、差し戻し、給与計算システムとの連携などの管理機能が充実している場合が多くあります。従業員数、既存システム、サポート体制、費用、セキュリティを比較して、自社に適したソフト・サービスを選びましょう。
4．従業員向けの案内と問い合わせ対応を準備する
年末調整の電子化が決定したら、導入目的、操作方法、提出期限、紙での対応が必要な場合の手順を従業員へ早めに案内しましょう。画面付きマニュアルやFAQ、問い合わせ窓口を用意しておくと、導入初年度の混乱を抑えやすくなります。マイナポータル連携を利用する場合は、マイナンバーカードや暗証番号など、従業員側で必要となる準備も案内しましょう。
5．テスト運用後に本番へ移行する
年末調整は重要な手続きのため、ミスやトラブルが発生しないよう、本番前に少人数でテストしてみるとよいでしょう。ログインや申告、証明書データの取り込み、差し戻し、給与計算システムへの連携まで全行程を一度確認し、正しく電子化へ対応できているか確認したうえで、本番運用を始めるのがおすすめです。また、年末調整の直前では修正時間を確保しにくいため、夏から初秋に準備を始める企業が多い傾向にあります。
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年末調整を電子化するメリット
年末調整は2026年8月時点では義務とはなっていませんが、すでに電子化を始めている企業も多くあります。電子化に切り替えるとどのようなメリットがあるのか詳しく解説します。
●紙での提出と電子化した年末調整の比較表
| 項目 | 紙 | 電子 |
|---|---|---|
| 配布方法 | 申告書を印刷し、封入・郵送または手渡しで配布 | システム上で従業員に一斉配信、印刷や郵送が不要 |
| 回収にかかる手間 | 従業員から個別に回収し、提出状況を手作業で確認・管理 | オンライン上で提出され、管理画面で提出状況を自動集計・確認 |
| ミス・不備の確認 | 担当者が目視で1枚ずつチェックする必要があり、見落としが発生しやすい | 必須項目の入力チェックや控除額の自動計算により、不備を検知しやすい |
| 差戻し | 該当書類を従業員のもとへ手渡しまたは郵送し、口頭・メモで不備を伝達 | 不備箇所にコメントを付けてシステム上で差し戻し可能 ※コメント機能の有無はシステムによる |
| 保管 | 書類をファイリングし、保管スペースを確保して7年間保存 | 電子データとして保存でき、保管スペースを削減し紛失リスクも軽減 |
| データの検索 | 該当書類を探すために書庫やファイルを1枚ずつ確認する必要がある | 従業員名や年分などで検索し、必要な書類にすぐアクセス可能 |
書類の配布・回収にかかる手間を減らしやすい
年末調整では従業員1人に対して複数枚の申告書が必要になるため、電子化することで書類の印刷や封入、郵送、再配布などの作業が減ることは大きなメリットと言えるでしょう。また、年末調整ソフト・サービスによっては、管理画面上で提出状況を確認できる場合もあり、手動で提出状況を管理する手間も省くことができます。
記入漏れや計算ミスを防ぎやすい
システムを導入することで、必須項目の入力チェックや控除額の自動計算ができるため、人的ミスや入力不備を減らせる場合があります。控除証明書等データを取り込めば、転記による入力ミスも抑えやすくなるため、不備による差し戻しの手間も軽減されるでしょう。ただし、入力内容やシステム設定によっては誤りが生じる場合もあるため、最終的には目視での確認を行うことを推奨します。
差し戻しと進捗管理がしやすい
提出された申告書に不備があった場合、紙での年末調整では申告書を該当の従業員の元まで手渡しに行く手間などが発生してしまう可能性があります。しかし、電子化しシステムを導入することで、不備のある箇所にコメント付きで差し戻しができる場合があり、差し戻し時の手間が軽減されます。また、提出状況を一覧で確認できたり、担当者と従業員のやり取りを記録しやすいため、担当者が急に不在となった場合でも、状況を把握しやすくなるでしょう。
保管・検索の負担を軽減しやすい
扶養控除等申告書など、勤務先が受け取った対象書類は、所定の起算日から7年間保存する必要があります。要件を満たす方法で電子データを保存すれば、保管スペースを抑えられるだけでなく、紛失を防いだり、従業員名や年分で検索しやすくなります。
年末調整を電子化するデメリット・注意点
年末調整の電子化は手間の軽減、管理のしやすさといったメリットがありますが、一部注意しておくべき点もあります。年末調整の電子化によるデメリットや注意点を解説します。
初年度は設定・運用設計に時間がかかる
従業員情報の登録、権限設定、給与計算システムとの連携、マニュアル作成など、導入時には一定の準備が必要です。初年度だけで判断せず、翌年度以降に削減できる作業時間も含めて費用対効果を検討しましょう。
問い合わせが増える可能性がある
導入初年度は、ログイン方法や証明書データの取得方法に関する問い合わせが増えることがあります。FAQや問い合わせ窓口を用意し、操作に不慣れな従業員への支援方法も決めておくと安心です。
紙と電子の混在で管理が複雑になることがある
紙での提出を例外的に認める場合は、対象者、提出方法、確認担当、保管場所を明確にします。例外運用を定期的に見直し、二重管理が固定化しないようにしましょう。
個人情報とセキュリティへの配慮が必須
年末調整では、本人や家族の所得・住所など、重要な個人情報を扱います。通信・保存時の暗号化、多要素認証、アクセス権限、操作ログ、バックアップ、委託先の管理体制などを確認し、個人情報等の流出が発生しないよう管理を徹底しましょう。
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年末調整電子化システム比較
年末調整を電子化するシステムは数多くありますが、機能や料金体系はサービスによって異なります。ここでは代表的な5つのサービスの特徴を紹介するので、自社に合ったシステム選びの参考にしてください。
COMIT HRのAI年末調整
COMIT HRのAI年末調整は、クラウド勤怠・給与サービス「ジョブカン」と連携し、年末調整業務をAIと専門スタッフのハイブリッド体制でまるごと代行するアウトソーシングサービスです。従業員が提出した控除証明書等の画像をAI-OCRが自動解析し、さらに専門スタッフが全件をダブルチェックするため、人事担当者自身が内容を確認する必要がありません。入力ミスや不備があった場合の従業員への差し戻し・修正依頼、未提出者へのリマインド配信や進捗管理まで一括で任せられるほか、提携税理士法人と連携し、法定調書・給与支払報告書の電子申告による提出まで対応しています。単なるシステム導入では解消しきれない「確認・照合作業」や「問い合わせ対応」といった年末調整特有の負担を大きく軽減できる点が特長です。
マネーフォワード クラウド年末調整
※出典： 「MoneyForwardクラウド年末調整」公式サイト
マネーフォワード クラウド年末調整は、書類の配布・回収から年税額の計算、行政機関への電子申告まで、年末調整業務全体をクラウド上で完結できるシステムです。従業員はアンケート形式の質問に回答するだけで申告書の入力が完了し、控除額も自動で計算されるため、手書きにありがちな転記漏れや計算ミスを防ぎやすくなっています。給与計算ソフトとのデータ連携にも対応しており、既存システムとあわせて利用したい企業に向いています。
SmartHRの年末調整アウトソーシング
※出典： 「SmartHR労務管理 / 年末調整」公式サイト
SmartHRの年末調整機能は、書類のペーパーレス化に加え、従業員とのやり取りまでサポートする点が特長です。スマホアプリのプッシュ通知で申告依頼を通知できるため、依頼から回答収集までのリードタイムを短縮しやすく、不備があった際の差し戻し通知にも対応しています。操作画面がシンプルで、従業員・担当者どちらにとってもわかりやすい設計になっており、「期日通りに回答が集まらない」といった年末調整特有の悩みを解消しやすいサービスです。
オフィスステーション 年末調整
オフィスステーション 年末調整は、従業員が「はい」「いいえ」で答える対話形式の質問に沿って入力するだけで、控除額を自動算出できるクラウドソフトです。スマホからも申告でき、最短3分程度で提出が完了する手軽さが特長です。従業員情報と提出データに差異がある場合は該当箇所を色付きで知らせる機能もあり、チェック漏れを防ぎやすくなっています。給与システムとのAPI・CSV連携にも対応しており、法改正時にはシステム側が自動でアップデートされます。
簡単年調
※出典： 「簡単年調」公式サイト
簡単年調は、クラウドシステムとアウトソーシングの利点をあわせ持つハイブリッド型の年末調整サービスです。従業員は保険料控除証明書などをスマホで撮影して送信するだけでよく、面倒な入力作業自体を提供元のエコミックが代行してくれる点が大きな特徴です。保険料の新旧区分など間違えやすい判断も従業員自身が行う必要がなく、入力ミスによる差し戻しや問い合わせを減らせます。担当者は進捗状況をダッシュボードで確認するだけで済むため、管理の手間も軽減されます。
年末調整システムの導入費用
年末調整システムの導入費用は、提供形態によって幅があります。クラウド型のシステムでは、初期費用が数万円程度、従業員一人あたりの月額・年額利用料は数百円程度に設定されているケースが多く見られます。一方、書類の回収や不備チェック、証明書のデータ入力までを外部に任せるアウトソーシング型では、基本料金に加えて従業員一人あたり数千円程度の費用が発生することもあり、対応範囲が広がるほど費用も高くなる傾向にあります。導入前には委託したい業務範囲を明確にし、複数社から見積もりを取って比較検討することが重要です。
なお、COMIT HRのAI年末調整は、ジョブカンの新規導入とあわせることで年末調整の業務代行サービスを無料で利用できるため、コストを抑えながら年末調整の負担を軽減したい企業にもおすすめです。
導入スケジュールについて
年末調整システムの導入には、一般的に3〜6ヶ月程度の準備期間を見込んでおくと安心です。まず現状の年末調整業務を洗い出し、電子化したい範囲や課題を整理したうえで、複数のシステムを比較検討します。契約後は、対象者情報の登録や権限設定、給与システムとのデータ連携設定など、初期設定に一定の時間がかかるため注意が必要です。導入後は従業員向けの操作説明会や案内を行い、実際の申告開始前にテスト運用をしておくと、当日の混乱を防ぎやすくなります。年末調整業務は11月頃から本格化するため、遅くとも夏頃までには導入プロジェクトを開始し、余裕を持ったスケジュールで進めることをおすすめします。
年末調整の電子化に関するよくある質問
年末調整の電子化に関するよくある質問をまとめました。
Q1．年末調整の電子化は、すべての企業に義務付けられていますか？
A．従業員と勤務先の間で行う年末調整手続の電子化は、一般の民間企業に一律で義務付けられているわけではありません。ただし、税務署へ提出する一部の法定調書は、前々年の提出枚数などの要件に応じて電子提出が必要です。
Q2．2027年から何が変わりますか？
A．2027年1月1日以後に提出する法定調書から、e-Taxなどによる電子提出義務の判定基準が、種類ごとに前々年100枚以上から30枚以上へ引き下げられます。年末調整の社内手続そのものが、すべての企業で全面電子化されるという意味ではありません。
Q3．国税庁の年調ソフトだけでも電子化できますか？
A．国税庁が提供する年調ソフトを使って、年末調整申告書の作成や電子データの出力はできます。一方、従業員への一括依頼、提出状況の管理、給与計算システムとの連携方法は運用によって異なるため、自社に必要な管理機能を整理し、民間システムも含めて比較するとよいでしょう。
Q4．マイナンバーカードがない従業員も電子申告できますか？
A．マイナンバーカードがなくても、勤務先が採用するシステムへ必要事項を入力するなど、電子的に申告できる場合があります。ただし、マイナポータル連携を利用して控除証明書等データを取得する際は、原則としてマイナンバーカードなど所定の準備が必要です。具体的な手順は利用するサービスで確認してください。
Q5．紙の控除証明書は使えますか？
A．紙の控除証明書を使える場合もありますが、申告方法や原本の扱いは、対象書類や使用する年末調整ソフトによって異なるため、ソフト導入前に確認しておくと安心です。
まとめ｜年末調整の電子化ならCOMIT HRの「AI年末調整」がおすすめ
年末調整の社内手続の電子化は、一般の民間企業に一律で義務付けられているわけではありません。ただし、法定調書の電子提出義務はすでに存在し、2027年1月から対象となる基準が30枚以上へ引き下げられます。まずは前々年の提出枚数を種類ごとに確認しましょう。
電子化を進める際は、現在の業務を整理したうえで、対象範囲、システム、例外対応、従業員への案内を設計することが大切です。少人数でテストし、翌年度以降の改善も見据えて進めると、書類の配布・回収、確認、保管にかかる負担を減らしやすくなります。
COMIT HRの「AI年末調整」は、従業員への案内配布から申告内容の確認・催促、税理士による電子申告まで、年末調整に関する手続きを一括で代行します。専門スタッフが導入から運用後までをサポートするため、はじめての電子化でも安心してご利用いただけます。今年の年末調整は、電子化で人事の負担を大幅カットしてみませんか。
