公開日:2026年9月11日 
年末調整の時期になると、人事・労務担当者には従業員から多くの書類が集まります。申告書や控除証明書など、必要な書類は従業員によって異なるため、「何を回収すればよいのか」「どの書類をどこへ提出するのか」と迷うこともあるでしょう。
また、年末調整の書類は回収して終わりではありません。内容を確認したうえで適切に保管し、必要な書類を税務署や市区町村へ提出する必要があります。
本記事では、年末調整で必要となる書類の種類や提出先、保管期間、不備が起きやすいポイントを解説します。さらに、書類の回収・管理を効率化する方法や、年末調整システム・代行サービスを活用するポイントも紹介します。
年末調整で必要な書類とは？
年末調整とは、1年間に給与から源泉徴収された所得税と、その年に納めるべき所得税額との差額を精算する手続きです。従業員から提出された申告書などをもとに、扶養親族や配偶者の状況、保険料、住宅ローンなどの控除を確認し、年税額を計算します。
年末調整に関する書類は、実務上、大きく3種類に分けて考えると分かりやすくなります。
年末調整の書類は大きく3種類に分けられる
年末調整に関する書類は、主に以下の3種類です。
申告書：従業員から会社へ提出
従業員自身や扶養親族、配偶者の状況、各種控除などを申告するための書類です。代表的なものに、扶養控除等申告書や基礎控除申告書、保険料控除申告書などがあります。
証明書・添付書類：申告内容を確認
生命保険料控除証明書や地震保険料控除証明書、住宅ローンに関する書類など、申告した控除の内容を確認するために必要となる書類です。ただし、すべての控除で証明書の添付が必要になるわけではありません。控除の種類や書類によって、提出・提示の要否が異なります。
年末調整後の書類：会社が作成・提出
年末調整の計算後には、源泉徴収票や給与支払報告書などを作成します。書類によって提出先は異なり、税務署や市区町村、従業員など、それぞれ適切な相手へ交付・提出する必要があります。
従業員から回収する書類と会社が作成する書類がある
年末調整では、従業員から回収する書類だけでなく、会社側で作成・提出・保管する書類もあります。
そのため、年末調整の業務フローを「従業員からの回収」「内容確認」「年末調整計算」「書類作成・提出」「保管」という流れで整理すると、担当者が管理しやすくなります。
年末調整で従業員から回収する書類一覧
年末調整で従業員から回収する主な書類は、以下のとおりです。
| 書類名称 | 主な内容・役割 | 対象となる従業員 |
|---|---|---|
| 扶養控除等申告書 | 扶養親族の有無や障害者控除などの適用を申告 | 原則として全従業員 |
| 基礎控除申告書 | 本人の所得金額に応じた基礎控除の適用を申告 | 収入がある全従業員 |
| 配偶者控除等申告書 | 配偶者の所得に応じた配偶者（特別）控除を申告 | 配偶者がおり、一定の所得要件を満たす方 |
| 所得金額調整控除申告書 | 子育てや障害者世帯の負担を軽減 | 要件に該当する一定所得要件を満たす方 |
| 保険料控除申告書 | 生命保険、地震保険、社会保険料等の控除を申告 | 対象の保険料を支払っている方 |
| 住宅借入金等特別控除申告書 | 住宅ローンの残高に応じた税額控除を申告 | 2年目以降の住宅ローン控除を受ける方 |
| 前職の源泉徴収票 | 年中に入社した社員の前職での給与所得を合算 | 年の中途で入社した方 |
| 控除証明書・添付書類 | 申告内容を裏付ける証明データやハガキ | 各種控除を申請する方 |
なお、令和8年分では基礎控除や扶養親族等の所得要件などに改正があります。前年の案内をそのまま使用せず、その年の制度や様式を確認することが重要です。
扶養控除等申告書
「給与所得者の扶養控除等（異動）申告書」は、扶養親族や配偶者などの状況を会社へ申告するための書類です。年末調整を受ける従業員から原則として提出してもらい、扶養親族の人数や所得見積額などを確認します。
この申告書を提出していない場合、給与の源泉徴収税額は原則として乙欄で計算されるため、年末調整の対象となる従業員については適切に回収する必要があります。
また、国外に居住する親族を扶養親族として申告する場合には、親族関係書類や送金関係書類などが必要になる場合があります。
基礎控除申告書
基礎控除申告書は、基礎控除の適用を受けるために提出する申告書です。基礎控除は所得金額に応じて控除額が異なります。令和8年分では、合計所得金額に応じて控除額が段階的に設定されています。そのため、単純に「すべての従業員が同じ金額の基礎控除を受ける」と考えるのではなく、従業員の所得金額を確認する必要があります。
配偶者控除等申告書
配偶者控除等申告書は、配偶者控除または配偶者特別控除の適用を受けるために使用する申告書です。
本人と配偶者それぞれの所得要件を確認し、該当する場合に申告します。配偶者の給与収入だけで判断するのではなく、給与所得控除後の所得金額などを確認することが重要です。
所得金額調整控除申告書
所得金額調整控除は、給与収入が一定額を超える人のうち、23歳未満の扶養親族がいる場合など、一定の要件を満たす人が対象となる制度です。共働きの夫婦についても、それぞれが要件を満たす場合には所得金額調整控除を適用できるケースがあります。対象となる従業員には、必要事項を確認したうえで申告書を提出してもらいましょう。
保険料控除申告書
保険料控除申告書では、主に以下の控除を申告します。
- 生命保険料控除
- 地震保険料控除
- 社会保険料控除
- 小規模企業共済等掛金控除
生命保険料や地震保険料については、保険会社などから届く控除証明書をもとに申告します。iDeCo（個人型確定拠出年金）の掛金は、小規模企業共済等掛金控除の対象です。生命保険料控除とは区分が異なるため、記載欄を間違えないよう注意しましょう。
なお、控除証明書はすべてのケースで紙の原本を添付する必要があるわけではありません。控除の種類によって提出・提示のルールが異なるため、確認が必要です。
住宅借入金等特別控除申告書
住宅ローン控除は、原則として初年度は確定申告が必要ですが、2年目以降は一定の要件を満たせば年末調整で適用できます。年末調整を利用する場合には、住宅借入金等特別控除申告書などの必要書類を会社へ提出します。住宅ローン控除は入居した年などによって必要書類が異なる場合があるため、従業員から提出された書類の内容を確認しましょう。
前職の源泉徴収票
年の途中で入社した従業員について、前職の給与を含めて年末調整する場合には、前職の源泉徴収票を提出してもらいます。前職の給与や源泉徴収税額、社会保険料などを確認するために必要となる重要な書類です。前職分の給与や源泉徴収税額を確認できない場合、前職分を含めた年末調整を行えないことがあります。
控除証明書・添付書類
控除証明書や添付書類は、従業員が申告する控除の内容に応じて必要となります。たとえば、生命保険料控除では保険会社から届く控除証明書、地震保険料控除では地震保険料控除証明書などを確認します。
また、国外居住親族に関する控除では、親族関係書類や送金関係書類が必要になる場合があります。
「年末調整では証明書をすべて添付する」と一律に考えるのではなく、控除ごとの提出要件を確認することが大切です。
年末調整で会社が作成・提出する書類一覧
年末調整では、従業員から書類を回収するだけでなく、会社側でも複数の書類を作成・管理します。
| 書類名 | 提出先・交付先 | 主な内容・役割 |
|---|---|---|
| 源泉徴収票 | 従業員本人、税務署（※1） | 1年間の給与総額、社会保険料、各種控除、最終税額を証明 |
| 給与支払報告書 | 各市区町村 | 住民税額を算出するための基礎資料 |
| 法定調書合計表 | 税務署 | 会社全体の給与・報酬・地代等の支払額と税額を報告 |
| 源泉徴収簿 | 自社保管（提出不要） | 月々の給与推移と年末調整の計算過程を記録 |
源泉徴収票
給与所得の源泉徴収票には、1年間の給与収入や源泉徴収税額、所得控除などに関する情報が記載されます。従業員には原則として翌年1月31日までに交付する必要があります。
また、令和9年1月1日以後は、市区町村へ給与支払報告書を提出した場合、一定の条件のもとで税務署へ源泉徴収票を提出したものとみなされる制度が始まります。ただし、従業員への源泉徴収票の交付義務は引き続き残ります。
給与支払報告書
給与支払報告書は、市区町村が住民税を算定する際に使用する書類です。原則として、翌年1月1日時点の従業員の住所地にある市区町村へ提出します。提出期限は原則として翌年1月31日です。期限日が土曜日・日曜日・祝日などの場合は、翌開庁日が期限となります。
法定調書合計表
法定調書合計表は、源泉徴収票などの法定調書とあわせて税務署へ提出する書類です。提出対象となる源泉徴収票には一定の範囲・基準があるため、すべての従業員分を必ず税務署へ提出するわけではありません。
令和9年1月1日以後は、給与支払報告書の提出によって源泉徴収票を税務署へ提出したものとみなされる特例も始まるため、最新の提出ルールを確認しましょう。
源泉徴収簿
源泉徴収簿は、従業員ごとの給与や賞与、源泉徴収税額、年末調整の結果などを記録するために使用します。税務署などへ提出する書類ではありませんが、年末調整の計算・確認を行ううえで重要な帳簿です。
年末調整の書類は誰に提出する？提出先別に整理
年末調整に関する書類は、すべて同じ場所へ提出するわけではありません。「誰が」「誰に」「何を提出するのか」を整理しておくと、年末調整の業務を進めやすくなります。
従業員が会社に提出する書類
従業員は、扶養控除等申告書や基礎控除申告書、配偶者控除等申告書、保険料控除申告書などを勤務先へ提出します。必要な書類は従業員によって異なるため、対象者ごとに案内すると回収しやすくなります。
会社が税務署に提出する書類
会社は、一定の要件に該当する源泉徴収票や法定調書合計表などを税務署へ提出します。なお、令和9年1月1日以後は、給与支払報告書を市区町村へ提出することで、一定の源泉徴収票について税務署へ提出したものとみなされる特例が始まります。
会社が市区町村に提出する書類
給与支払報告書は、原則として従業員の翌年1月1日時点の住所地にある市区町村へ提出します。住民税の計算に必要となるため、提出対象者や住所情報を正確に確認しておきましょう。
会社が従業員に交付する書類
代表的なものが給与所得の源泉徴収票です。源泉徴収票は、従業員が確定申告や各種手続きを行う際にも使用する重要な書類です。原則として翌年1月31日までに交付する必要があります。
年末調整の書類の保管期間
年末調整で扱う書類には、一定期間の保存が必要です。
扶養控除等申告書などは7年間の保存が必要
給与所得者の扶養控除等申告書などは、原則として「その申告書等の提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年間」保存する必要があります。対象となる書類には、扶養控除等申告書、基礎控除申告書、配偶者控除等申告書、保険料控除申告書、所得金額調整控除申告書、住宅借入金等特別控除申告書などがあります。
単純に「年末調整を行った年から7年間」と覚えるのではなく、法令で定められた起算日をもとに保存期間を管理しましょう。
紙書類と電子データの保管方法
年末調整の申告書などは、一定の要件を満たせば電子データで提供を受け、保存することが可能です。紙で保管する場合は、年度ごとに分類し、必要なときにすぐ確認できる状態にしておくとよいでしょう。電子データで管理する場合も、アクセス権限を設定するなど、個人情報を適切に管理することが重要です。
保管期間が過ぎた書類の扱い
保存期間を過ぎた書類は、社内の規程や情報管理ルールに沿って適切に廃棄します。年末調整の書類には給与情報や扶養親族の情報、マイナンバーなどの重要な個人情報が含まれる場合があるため、シュレッダーや溶解処理など、情報が復元できない方法で処分することが大切です。
年末調整の書類で不備が起きやすいポイント
年末調整では、申告書の記入漏れや控除証明書の不足など、さまざまな不備が発生します。
記入漏れ・入力漏れ
氏名や住所、扶養親族の情報、所得金額などの記入漏れは、年末調整で起こりやすい不備の一つです。電子申告システムを利用している場合でも、入力内容そのものに誤りがないか確認する必要があります。提出前に従業員自身がチェックできる確認項目を用意しておくと、不備の削減につながります。
控除証明書の添付漏れ
生命保険料控除や地震保険料控除などでは、必要な証明書が提出されていないケースがあります。ただし、控除の種類によって証明書の提出・提示要件は異なるため、「証明書がない＝必ず控除できない」と判断するのではなく、該当する制度を確認しましょう。
扶養親族・配偶者情報の確認漏れ
扶養親族や配偶者の所得が見込み額と異なった場合、控除額の修正が必要になることがあります。特に大学生年代の親族については、特定親族特別控除の対象になる可能性もあるため、年齢や所得を確認することが重要です。
前職の源泉徴収票の未提出
年の途中で入社した従業員から、前職の源泉徴収票が提出されないケースもあります。前職分を含めて年末調整するには、前職の給与や源泉徴収税額などを確認する必要があります。源泉徴収票がない場合には、まず前職の勤務先へ交付を依頼するなどの対応が必要です。
年末調整の書類回収を効率化する方法
年末調整は毎年発生する業務だからこそ、回収方法を見直すことで担当者の負担を減らせます。
提出書類一覧を従業員に事前共有する
年末調整の開始時に、必要となる提出書類を一覧にして案内しましょう。提出期限だけでなく、「自分に必要な書類はどれか」「証明書が必要な場合は何を準備するのか」まで説明すると、従業員が準備しやすくなります。
対象者ごとに必要書類を分けて案内する
従業員全員に同じ案内をするのではなく、
- 配偶者がいる人
- 扶養親族がいる人
- 大学生年代の子どもがいる人
- 住宅ローン控除を受ける人
- 年の途中で入社した人
- 保険料控除を受ける人
など、対象者ごとに案内を分ける方法も有効です。
提出期限とリマインド方法を決めておく
提出期限を設定したら、期限直前に一度だけ案内するのではなく、余裕を持ってリマインドを行いましょう。例えば、提出開始時、期限1週間前、期限前日など、複数回に分けて案内すると未提出者の減少につながります。
回収状況を一覧で管理する
Excelや給与・労務管理システムなどを利用し、提出状況を一覧で管理すると、未提出者や不備のある従業員を把握しやすくなります。「提出済み」「未提出」「不備あり」「修正済み」など、ステータスを決めておくと担当者間でも共有しやすくなります。
電子データで回収・保管する
年末調整の電子化に対応したシステムを利用すると、紙の申告書を回収する手間を減らせます。
また、控除証明書の電子データを取り込めるシステムであれば、入力や確認作業を効率化できる場合があります。国税庁も年末調整手続の電子化を進めており、令和8年分の年調ソフトのプロトタイプも公開されています。
不備確認・差し戻し対応まで効率化する
年末調整では、書類を回収した後の不備確認にも時間がかかります。
電子化されたシステムであれば、入力内容のチェックや未提出者への通知、修正依頼などを効率化できる場合があります。ただし、利用できる機能はシステムによって異なるため、自社の業務に必要な機能を事前に確認することが大切です。
年末調整の書類管理はシステム・代行サービスの活用も選択肢
年末調整の対象者が多い企業では、すべての業務を担当者が手作業で行うと負担が大きくなります。その場合は、年末調整システムや外部の代行サービスを活用する方法もあります。
年末調整システムで回収・進捗管理を効率化する
年末調整システムを利用すると、従業員への申告依頼から書類の回収、進捗確認までをオンラインで管理できる場合があります。また、給与計算システムと連携できるサービスであれば、年末調整の結果を給与計算へ反映する作業を効率化できます。導入する際には、既存の給与システムとの連携可否や、電子データへの対応範囲などを確認しましょう。
代行サービスなら不備確認や従業員対応まで任せられる
年末調整の代行サービスには、申告書の回収や不備確認、従業員からの問い合わせ対応などを支援するサービスがあります。自社だけでは対応しきれない業務を外部へ委託することで、担当者の負担を減らせる可能性があります。ただし、委託できる業務の範囲や料金はサービスによって異なるため、導入前に確認が必要です。
自社で対応する範囲と外部に任せる範囲を決める
すべての業務を外部へ委託する必要はありません。例えば、従業員への案内や最終確認は自社で行い、書類の回収・不備確認などを外部サービスへ委託するなど、自社の体制に合わせて分担する方法があります。現在の業務量や従業員数、担当者の負担を確認し、費用対効果を考えながら導入を検討しましょう。
年末調整の書類に関するよくある質問
Q1. 年末調整の提出書類一覧には何がありますか？
代表的な書類には、扶養控除等申告書、基礎控除申告書、配偶者控除等申告書、特定親族特別控除申告書、所得金額調整控除申告書、保険料控除申告書などがあります。このほか、住宅ローン控除を受ける人の申告書や、年の途中で入社した人の前職の源泉徴収票なども必要になる場合があります。
必要書類は従業員によって異なるため、対象者ごとに確認しましょう。
Q2. 年末調整の書類の種類は何がありますか？
年末調整の書類は、従業員が会社へ提出する申告書、控除内容を確認するための証明書・添付書類、会社が作成・提出する書類などに分けて考えると分かりやすくなります。会社が作成する書類には、源泉徴収票や給与支払報告書などがあります。
Q3. 年末調整の書類の保管期間は何年ですか？
扶養控除等申告書などの年末調整関係の申告書は、原則として7年間の保存が必要です。正確には「その申告書等の提出期限の属する年の翌年1月10日の翌日から7年間」が保存期間となります。保存期間の起算日を確認し、年度ごとに適切に管理しましょう。
Q4. 年末調整の書類は電子データで保管できますか？
一定の要件を満たせば、年末調整の申告書などを電子データで提供してもらい、保存することが可能です。また、年末調整手続そのものについても電子化が進められています。電子化する場合は、利用するシステムが必要な機能や保存要件に対応しているか確認しましょう。
Q5. 年末調整で前職の源泉徴収票がない場合はどうすればよいですか？
年の途中で入社した従業員について、前職分を含めて年末調整する場合には、前職の給与や源泉徴収税額などを確認する必要があります。まずは前職の勤務先へ源泉徴収票の交付を依頼しましょう。
前職分を確認できない場合、前職分を含めた年末調整を行えず、従業員自身で確定申告が必要になるケースもあります。
なお、前職の勤務先から源泉徴収票が交付されない場合には、税務署へ「源泉徴収票不交付の届出書」を提出する制度もあります。
まとめ｜年末調整の書類は一覧化し、回収・保管まで効率化しよう
年末調整では、扶養控除等申告書や基礎控除申告書、配偶者控除等申告書、保険料控除申告書など、多くの書類を扱います。必要な書類は従業員によって異なるため、対象者ごとに提出書類を整理し、早めに案内することがスムーズな回収につながります。
また、申告書などの保存期間を確認し、紙・電子データそれぞれの方法で適切に管理することも重要です。年末調整は毎年行う業務だからこそ、提出書類の一覧化や進捗管理、電子化、システム・代行サービスの活用など、自社に合った方法を取り入れて効率化を進めましょう。
